Новый алгоритм быстро находит мутации рака кишечника
Российские исследователи разработали вычислительный метод, который за несколько часов выявляет изменения в ДНК, способствующие росту опухолей при раке прямой и толстой кишки. По словам авторов, это ускорит создание новых лекарств и подбор терапии для конкретных пациентов.
Проблема, с которой столкнулись биологи, связана с длинными некодирующими РНК. Одна из них — SNHG1 — активно накапливается при колоректальном раке, но из-за своей длины и множества возможных генов-мишеней долго оставалась малоизученной. Раньше учёным приходилось действовать методом проб и ошибок.
Новый алгоритм учитывает, как ДНК и РНК могут контактировать друг с другом, а также метки активности генов и суперэнхансеры — участки, многократно усиливающие работу гена. На выходе метод даёт короткий список генов для проверки. Один из авторов сравнил подход с навигатором в лабиринте генома.
Применив алгоритм, команда нашла 12 генов, активность которых повышена в опухолях пациентов и связана с уровнем SNHG1. Среди них оказался TOP1 — уже известная мишень для химиотерапии колоректального рака. Это подтверждает работоспособность метода.
Ежегодно рак прямой и толстой кишки диагностируют более чем у 1,8 миллиона человек, и более половины из них умирают в течение пяти лет. Авторы надеются, что предложенный подход поможет быстрее находить новые терапевтические цели.
